DNS számítógépek és formális modelljeik

Az ábrák listája

1. A DNS számítások helye a számítástudományban (informatikában).

1.1. A (kémiai) elemek periódusos rendszere (az első 20 elemmel és besorolásukkal).

1.2. A hidrogén, a periódusos rendszer első eleme, és néhány jellemzője.

1.3. A vízmolekula szerkezeti képlete, az oxigénatom külső héjon található nemkötő elektronpárjaival.

1.4. A szén néhány jellemzője.

1.5. A gyémántrács felépítése: minden atom a térben négy másik atommal kapcsolódik (a bal felső sarokban a rács egységkockáját is feltüntettük).

1.6. A grafitrács felépítése: a szénatomok hatszögrácsos síkokat alkotnak.

1.7. A nitrogén néhány jellemzője.

1.8. Az oxigén néhány jellemzője.

1.9. A foszfor néhány jellemzője.

1.10. Az etilén (balra) és az acetilén (jobbra) szerkezeti képlete.

1.11. A benzol szerkezeti képlete, valójában minden atom bead egy elektront a közös kötésbe.

1.12. A glükóz nyílt és zárt formájú szerkezeti képlete.

1.13. Az adenin bázisának szerkezeti felépítése.

1.14. A citozin szerkezeti képlete: bázisa, a cukor (dezoxiribóz, pentóz) és a foszfátcsoport.

1.15. A guanin molekula szerkezete.

1.16. A timin molekula felépítése, a cukor szénatomjainak megjelölésével.

1.17. Az uracil molekula.

1.18. Egy nukleotid ionos formában: a cukor és a foszfát csoport szerkezete, kapcsolódása vizes oldatban.

1.19. Egy DNS lánc sematikus rajza.

1.20. Egy RNS lánc sematikus rajza (a cukrok 2' szénatomján jelölt OH is jelzi, hogy RNS-ről van szó).

1.21. A DNS molekula kettős spirál alakú, a két szálat a bázisok közti hidrogénkötések tartják össze.

1.22. A citozin és a guanin bázisai közt háromszoros hidrogénkötés alakulhat ki.

1.23. Az adenin és a timin molekulákat kétszeres hidrogénkötés tarja össze.

1.24. Az RNS-ben az adenin és az uracil molekulákat kétszeres hidrogénkötés tarja össze.

1.25. A két szálú DNS sematikusan.

1.26. Két RNS szál összekapcsódása sematikusan.

2.1. A polimeráz enzim kiegészíti a DNS láncot teljes duplalánccá.

2.2. Ismert végű kétszálú DNS-lánc előkészítése a polimeráz enzim számára a primerek segítségével.

2.3. DNS láncok szétválasztása hossz alapján gélelektroforézissel.

2.4. Egy lehetséges vágás „ragadós végek" létrehozásával.

2.5. Az EcoRI vágóenzim működése.

2.6. Az XmaI vágóenzim felismerési mintája és általa létrehozott ragadós végek.

2.7. Az SmaI vágóenzim működése.

2.8. A PstI vágóenzim működése.

2.9. A ligáz enzim működése.

3.1. Az Adleman által vizsgált gráf.

3.2. A csúcsoknak és az éleknek megfelelő láncok kétszálú, utakat reprezentáló láncokká ragadhatnak össze.

3.3. A három változóval rendelkező formulákhoz használható kiindulási gráf SAT problémához.

3.4. A példában megadott klózok literáljai szerint szűrünk.

5.1. Memória DNS-dominókkal.

5.2. A dolgok és zsákok (p=6 és q=4 ebben a konkrét példában).

5.3. A T_i lombikok tartalmának változása az algoritmus harmadik fázisában.

5.4. A DNS-dominók lehetséges alakja nyelvgeneráláshoz.

5.5. A DNS-dominók lehetséges összeragasztása molekula képzéshez: molekulaépítés jobb oldali irányban.

6.1. Egy Watson-Crick automata.

6.2. A {wcw ∣ w∈{a,b}*} nyelvet elfogadó WK-automata.

6.3. Az {aⁿbⁿcⁿ∣n > 0} nyelvet elfogadó WK-automata.

6.4. Az {aⁿb^mcⁿd^m∣n,m > 0} nyelvet elfogadó WK-automata.

6.5. Egy nem szemilineáris nyelvet elfogadó WK-automata.

6.6. A jelölt másolat nyelvet elfogadó F1WK-automata.

6.7. Watson-Crick véges automata nyelvosztályok hierarchiája (a nyíl a tartalmazó osztály felé mutat).

6.8. Érzékeny 5'→3' Watson-Crick véges automata nyelvosztályok hierarchiája és viszonyuk a Chomsky-féle nyelvosztályokhoz.

6.9. Végigolvasó 5'→3' Watson-Crick véges automata amely a többszörös megfelelés nyelvét fogadja el.

6.10. Végigolvasó 5'→3' Watson-Crick véges automata amely a keresztfüggőségek nyelvét fogadja el.

6.11. Végigolvasó 5'→3' Watson-Crick véges automata nyelvosztályok hierarchiája és viszonyuk a Chomsky-féle nyelvosztályokhoz.

8.1. A beszúrás művelete sematikusan: adott környezetek közé adott szakasz beszúrása.

8.2. A törlés művelete sematikusan: adott környezet esetén a szál közbeeső része törlődik.

9.1. Reguláris nyelvtan reprezentációja DNS molekulákkal.

9.2. Példa levezetések a reguláris nyelvtanban DNS molekulák önépítésével (a levezetett szót a zöld, illetve narancssárgával jelölt DNS kódrészek adják).

9.3. DNS csempék létrehozása 5 megfelelően összekapcsolt láncból.

9.4. DNS csempe sematikus rajza.

9.5. DNS csempék a Sierpinski háromszög felépítéséhez.

9.6. A Sierpinski háromszög felépítése a csempékkel.

9.7. Számláló vázlata csempékkel.

9.8. NAND kapuk csempékkel.

9.9. Számítás (kiértékelés) NAND csempékkel.

9.10. A smiley :) molekula „tervrajza".

9.11. A smiley molekulák létrejöttek.

9.12. Két DNS háromszög.

9.13. DNS hatszög a háromszögekből.

9.14. DNS szőnyeg hópihe mintákkal.

9.15. DNS szőnyeg térképpel (az Amerikát formázó minta háromszor fordul elő a szőnyegen).

10.1. Az MDS-ek egy lehetséges elhelyezkedése a mikronukleuszban.

10.2. A makronukleusz felépítése, az összerakott génsorozat.

10.3. A génképzés művelete DNS láncokkal.

10.4. Az ld operátor: IES rész eltávolítása.

10.5. A hi operátor: egy rész invertálása.

10.6. A dlad operátor: két rész felcserélése.

10.7. Az MDS-ek elhelyezkedése a 46. feladatban.

10.8. A mutatópárok elhelyezkedése a 41. példában.

10.9. Példa átfedési gráfra előjeles csúcsokkal.

10.10. Pozitívcsúcs szabály alkalmazása a 2-es csúcsra (a 10.9. ábra gráfjára).

10.11. Duplacsúcs szabály alkalmazása a 4-es 5-ös csúcspárra (a 10.9. ábra gráfjára).

12.1. Hajtű alakot formázó DNS lánc.

15.1. A fontosabb bonyolultsági osztályok hierarchiája (nem tudjuk, hogy mely tartalmazások valódiak).