12. fejezet - Egyéb kutatási irányok

Tartalom

12.1. Számítás hajtű alakú DNS molekulákkal
12.2. DNS tervezés
12.3. Parciális szavak
12.4. DNS adatbázisok
12.5. DNS-Prolog
12.6. Számítások megfigyeléssel

A könyvben, elsősorban a helyhiány miatt, nem érinthettünk több olyan kapcsolódó kutatási területet, amelyek a szakirodalomban megjelentek az utóbbi években. (Ha minden a DNS számításokkal kapcsolatos érdekes és fontos eredményt részletsebben át tekintettünk volna, akkor kétszer ekkora könyvben sem fért volna el az anyag, lásd pl. [Rozenberg et al.] idevonatkozó fejezetei.)

12.1. Számítás hajtű alakú DNS molekulákkal

Az egyszálú DNS ha pl. a két vége pont egymás komplentere, könnyen hajtű alakot formázhat (12.1. ábra).

12.1. ábra - Hajtű alakot formázó DNS lánc.

Hajtű alakot formázó DNS lánc.

Hasonló formák játszottak szerepet a beszúró-törlő rendszereknél is. Amennyiben a DNS lánc egyik szála hosszabb, mint a másik, a hajtű alak egyik szára, mintegy ragadós végként, túlnyúlik a másikon. Megfelelő enzim segítségével, ha a lombikban vannak nukleotidok, a másik lánc kiegészítődhet a hosszabb láncnak megfelelően, hogy egy teljes hajtű molekula jöjjön létre, mint amilyet az ábra is mutat. Ezután az oldatot melegítve a molekula két vége „elengedi egymást", ily módon kiterjesztett egyláncú molekulát kapunk. Ez a művelet a hajtű-kiterjesztés. Ha az oldat megint lehűl lehetőség van arra, hogy a molekula egyik vége megint hozzátapadjon valahol a lánchoz, ahol megfelelő hosszúságú komplementer rész található a láncban. a kiterjesztés többszöri alkalmazása az iterált hajtű-kiterjesztés.

Ezeket a műveleteket lehet adott molekulákra, de akár adott (formális) nyelvekre is vizsgálni.

Egy lehetőség ennek a gondoltnak a tovább fejlesztésére a hajtű-hosszítás művelet, amikor nem követeljük meg a rendszertől, hogy teljesen felépítse, kiegészítse a hajtű másik szálát, hanem (pl. a rendelkezésre álló idő rövidsége miatt) megelégszünk azzal, hogy pár nukleotiddal hosszabb lesz az eredetileg rövidebb láncrész...