III. rész - SZÁMÍTÁSI MODELLEK A DNS MOLEKULÁK, ILLETVE A VELÜK VÉGEZHETŐ MŰVELETEK ALAPJÁN

Tartalom

4. Szűrő modell
4.1. Szűrés Blokkolással
4.2. Szűrés Felületen
4.3. Párhuzamos Szűrés
4.4. Szűrés Memóriával
5. DNS-dominók
5.1. A ragasztó számítási modell (sticker-based computation)
5.2. Nyelvek generálása
6. Watson-Crick automaták
6.1. Hagyományos WK-automaták
6.1.1. Speciális változatok - hierarchia eredmények
6.2. 5'→3' WK-automaták
6.2.1. Biológiai motiváció
6.2.2. Formális leírás
6.2.3. 5'→3' WK-automata nyelvosztályok
6.2.4. 2detLIN nyelvek
6.2.5. Végigolvasó és többször végigolvasó (nem érzékeny) 5'→3' WK-automaták
7. Szétvágó-összeillesztő rendszerek
7.1. DNS-ek vágása és összeillesztése
7.1.1. DNS-ek vágása -- vágóenzimek újra
7.1.1 Ragadós végű DNS molekulák összeragadása
7.2. Elméleti leírás
7.2.1. Szétvágó-összeillesztő művelet nyelvekre
7.2.2. Iterált H-rendszerek
7.2.3. Kiterjesztett H-rendszerek
7.2.4. Multiplicitásos H-rendszerek
7.2.5. További H-rendszer modellek
8. Beszúró-törlő rendszerek
8.1. Beszúrás és törlés a DNS molekulákba
8.2. Beszúró-törlő rendszerek formális leírása
8.3. INSDEL nyelvosztályok
9. Konstruktív modellek
9.1. DNS kirakók és nanotechnológia
9.2. Logikai áramkörök szimulációja
9.3. DNS origami a gyakorlatban