Natív XML adatbázisok gyakran tárolnak és tartalmaznak több XML dokumentumot, mint XML darabok gyűjteménye. Egy natív XML adatbázis több, különböző típusú XML dokumentum gyűjteményét tartalmazhatja, ahol a különféle XML dokumentumok más-más témaköröket fednek le, és ezek független adatok gyűjteményei. Például az egyik kollekció tartalmazhatja egy cég vásárlóinak adatait, míg egy másik a föld országainak demográfiai adatait. Ezen felül minden egyes kollekcióban eltérhet az XML töredékek struktúrája is. Ténylegesen, minden egyes egyszerű töredék résznek egy kollekcióban különböző struktúrája lehet az összes többi töredéktől az adott kollekcióban. Ennek az eredménye a strukturális és séma független XML adat.

A kollekciók természetesen összefüggésbe hozhatóak a sémákkal, amennyiben az XML adatok validációja szükséges. A sémafüggetlen XML különösen rugalmas, sokkal gyorsabb és könnyebb fejlesztést tesz lehetővé. Viszont a rugalmasság alacsony adatintegritással jár és azzal a kockázattal, hogy hibák jelenhetnek meg az adatbázis adatai között. A valóságban megszámlálhatatlan indoka van annak, hogy miért alakítsuk az XML dokumentumok gyűjteményeit natív XML adatbázissá, lehetővé téve ezzel egy jó tárolási módot és teljesítményt.

Mindenesetre ennek a rugalmasságnak a félreértése és félreértelmezése problémákat okozhat. Szemlátomást, rengeteg hibához vezethet például túl sok adat többszöri előfordulása, túlzott vagy kevés strukturális komplexitás. A potenciális buktatók listája olyan hosszú, mint az összes lehetséges különböző variációja egy témának amit egy XML-hez hasonlóan rugalmas eszköz segítségével létre lehet hozni. Ezt egy egyszerű példán keresztül szemléltetni is tudjuk, ahol kiindulásként egy régiót írunk le:

<?xml version="1.0"?>
<database name="Africa">
	<collections>
		<collection name="Countries">
		</collection>
	</collections>
</database>

Az előbbi példa semmilyen adatot nem tartalmaz, de több kollekciót is magába foglal, ahol minden egyes gyűjtemény egy-egy államot jelöl. Ebben a példában az államok az afrikai régióhoz tartoznak. Bővíthetjük további régiókkal is, így eljuthatunk a többszintű adatbázisig.

<?xml version="1.0"?>
<databases>
	<database name="Africa">
		<collections>
			<collection name="Countries">
			</collection>
		</collections>
	</database>
	<database name="Europe">
		<collections>
			<collection name="Countries">
			</collection>
		</collections>
	</database>
</databases>

Ellenben visszatérhetünk az egy adatbázis több kollekció útjára is:

<?xml version="1.0"?>
<database>
	<collections>
		<collection name="Regions">
			<region name="Africa">
				<population>789548670</population>
			</region>
			<region name="Europe">
				<population>488674441</population>
			</region>
		</collection>
		<collection name="Countries">
			<country name="Finland" region="Europe">
				<population>5231372</population>
			</country>
			<country name="Germany" region="Europe">
				<population>82422299</population>
			</country>
		</collection>
	</collections>
</database>

A kollekción belüli kollekciók szintén valós hierarchiába rendezhetőek, ahogy az országok a megfelelő régiókba:

<?xml version="1.0"?>
<database>
	<collections>
		<collection name="Regions">
			<region name="Africa">
				<population>789548670</population>
			</region>
			<region name="Europe">
				<population>488674441</population>
				<country name="Finland" region="Europe">
					<population>5231372</population>
				</country>
				<country name="Germany" region="Europe">
					<population>82422299</population>
				</country>
			</region>
		</collection>
	</collections>
</database>

A példát tovább folytatva láthatjuk, hogy a sémamentes XML adatbázisoknál a bővítési lehetősége korlátlanok, viszont a korábban vázolt veszélyeket magukban hordozzák és nagyon könnyen problémába és hibába fordulhatnak. Természetesen ha egy sémát is rendelünk az XML dokumentum mellé, akkor - bár ezt a fajta rugalmasságot elveszítjük - az adatbáziskezelő rendszer képes lesz a szerkezetre vonatkozó megszorítások betartatására.

Az indexelés technikáját mindenki jól ismerheti a relációs adatbáziskezelő rendszerek esetén, ahol a célok egyike az adatok hatékony elérése minél kevesebb I/O művelet árán. Relációs táblák esetén a leggyakrabban használt indexelési módszerek a bináris fák, hash algoritmusok és néha bitmapek. Az indexre vonatkozóan még egy nagyon fontos dolgot kell kiemelni: rendezett sorrend vonatkozik rá. Tehát ha egy indexet olvasunk, az adatokat is az index által létrehozott sorrendben olvassuk, függetlenül a táblában vagy az XML dokumentumban található adatsorrendtől. Azonban az XML dokumentumok már eleve tartalmaznak egy belső rendezést, ami az XML struktúráján alapszik, így a rendezett index nem feltétlenül előny natív XML adatbázisok esetén.

Az XML adatbázisoknak különböző indexelési metódusai léteznek. Valószínűleg minden natív XML adatbázis különféle indexelő eljárásokat alkalmaz az aktuális implementációjában. Az indexelése struktúra viszont nem biztos, hogy eltér az alábbi módszerektől.

A leginkább használt indexelési eljárás XML dokumentumok esetén relációs adatbázisokban, még XML adattípus esetén is, az indexelést igénylő XML elemek szétválasztása. Tehát az index egy egyszerű mezőt fog tartalmazni a táblában található minden rekordról. Ez az egy mező minden régióról tartalmaz egy-egy nevet. Továbbá az index egy további mutatót is tartalmazni fog, ami lehetővé teszi az index és a tábla (vagy XML dokumentum) összekapcsolását; ez egy fizikai cím I/O szinten. Más szavakkal, az adatbázisnak rendelkeznie kell egy fizikai címmel minden (indexelt) elemről az XML dokumentumban. Ekkor az index tartalmazza ennek a mutatónak a címét. Az eredmény pedig a következő, mikor megtalál egy régiót az indexben, az adott régióhoz tartozó mutató átadódik egy függvénynek, ami megtalálja a rekordot egy táblában vagy XML dokumentumban a belépési rekord merevlemez címe alapján. A merevlemez címek a teljes adathalmaz vagy talán az index létrehozásakor rendelődnek a tábla vagy az XML dokumentum elemeihez. A folyamat és a folyamat lépéseinek sorrendje teljes egészében a natív XML adatbázis eléréséhez használt szoftvertől függ, vagy attól, ami egy egyszerű XML dokumentumot, vagy XML dokumentumok halmazát egy kollekciók halmazának tartja fent. (Ezek a kollekciók XML-ként vannak tárolva természetesen.)

Itt felmerülhet néhány kérdés bennünk. Például:

Miért tároljunk XML dokumentumokat XML adattípusban, ha az XML adattípus indexelése gyanús, 
                            és talán alá van rendelve a relációs adatbázis indexelésének?

vagy:

Miért nem tároljuk az adatokat egyszerűen csak relációs táblákban és konvertáljuk az XML-lé, ha szükséges?

Először talán a második kérdést kellene megvizsgálni: XML-ként tárolva nem szükséges a konvertálás. Ezen felül így lesz hozzáférésünk olyan hasznos XML eszközökhöz, mint az XPath és az XQuery. Az első kérdésre válaszolva: az index az index. Egyes adatbázisoknak barátságosabb indexelési technikai vannak, mint másoknak. Nincs indok arra, miért lenne az XML indexelés kevésbé hatékony mint más indexelés, legyen szó bármely relációs adatbázisról. Természetesen XML adatokat lehet tárolni relációs táblában. Ez egy választási lehetőség. Mindkét módszernek vannak előnyei és hátrányai. Általánosságban minél nagyobb az adatbázis, annál inkább válik megfontolandóvá a relációs táblában való tárolás esélye – és nem az XML adattípusban tárolt XML. Hacsak persze nem használunk XML adattípus kollekciókat. Ezek figyelembevételével 4 féle indexelési mód ismert:

Az XML dokumentumok tartalmaznak adatot, meta adatot, és némi szemantikát a benne rejlő hierarchikus struktúrában. A dokumentum központú dokumentumok, emberi felhasználásra alkalmasabbak. De lehetnek adat központúak is. Ezek általában számítógépek között megosztott adatok. Ezek generikusabbak, és főként szkript nyelvek általi feldolgozásra használható.

Dokumentum-centrikus XML

Egy dokumentum-centrikus XML, ami már emberi fogyasztásra is alkalmas, elég nehezen értelmezhető számítógéppel, már ha ez egyáltalán lehetséges. A dokumentum-centrikus XML lényegében egy olyan dokumentum, amit normális esetben kézzel írnak – mint egy Word dokumentum, PDF fájl vagy valami hasonló, mint ez a jegyzet. Az ilyen típusú XML dokumentumokat általában teljes egészükben tárolják és általában nem elérhetőek programozási módszerekkel, vagy XML elemtartalommal. Néha ezek a dokumentumok indexelve vannak indexkereséshez, akár a technikai iratok könyvtára. Ezzel szemben létezik néhány technikai iratot tartalmazó adatbázis, ami keveri az adat- és dokumentum-centrikusságot. Például, évekre visszamenőlegesen tárolt technikai iratokat tartalmazó könyvtár adatbázisában értelmes lenne a dokumentumokat egy bizonyos szempont szerint kategorizálni, mint szerző, témakör, szerzés ideje, vagy egyéb leíró információk alapján. Ezen dokumentumok tartalmát lehetne indexelni, hogy az adott anyag tartalmáról általános információval szolgáljon.

A dokumentum-centrikus natív XML egy speciális típusát tartalomkezelő rendszernek (CMS, Content Management System) nevezik. A tartalomkezelő adatbázisok engedélyeznek némi irányítást és kezelést emberek írta XML adatokon keresztül, amelyek egy natív XML adatbázisban XML típusként vannak tárolva.

Adat-centrikus XML

Egy adat-centrikus XML dokumentum legegyszerűbb formájában XML adatokat használ számítógépek közötti adatátvitelhez. A valóságban az XML gyakran keverve tartalmaz adat-centrikus és dokumentum-centrikus jellemzőket. A dokumentum-centrikus jellemzők közé tartozik az ember által alkotott és ember által olvasható rész. Az adat-centrikus részhez az tartozik, hogy generikus és program által elérhető, mivel ismételhető.

Az adat-centrikus dokumentumok talán legjobb példái weboldalakon találhatóak, mint az Amazon vagy eBay. Ezek az oldalak információk tömegét tartalmazzák – a változatosság legkülönfélébb szintjeivel és tartalmával. Például egy könyv az Amazon oldalán, pontosabban annak minden elsődleges jellemzője, például cím, ISBN szám, szerző vagy más adatok adat-centrikusak. Másrészt számos könyv az Amazonon PDF formátumban is letölthető. A PDF fájlok dokumentum-centrikusak, specifikusak az adott könyvre nézve, és csak a PDF dokumentumhoz viszonyítva programozhatóak, ellentétben a PDF tartalmával.

A natív XML adatbázisok használatának különféle vonatkozásait fontos röviden bemutatni: